鳥類起源于恐龍的觀點雖然已經(jīng)獲得了古生物學界的廣泛承認，但仍然有鳥類學家對此提出質(zhì)疑，并堅持傳統(tǒng)的鳥類起源于三疊紀的槽齒類爬行動物的假說。 他們認為獸腳類恐龍與鳥類的相似性僅僅是表面上的，是不同門類的生物由于生活環(huán)境和生活習性的相似而出現(xiàn)的演化結(jié)果。如中生代的魚龍、現(xiàn)代的鯨和魚，它們相互之間的親緣關(guān)系很遠，但由于都生活在水里，適應(yīng)游泳生活，所以形成了非常相似的體形。 鳥類的翼與獸腳類的前肢雖然都有三指，但實際是不同的，獸腳類是第1、2、3指（第4指和第5指已消失），而鳥類則是第2、3、4指（第1指和第5指已消失）。他們認為獸腳類已經(jīng)消失的第4指不可能再重新獲得而進化成為鳥類的第4指。 還有就是認為與鳥類具有很多相似之處的小型獸腳類恐龍出現(xiàn)較晚，只可以追溯到大約1.15億年以前，而始祖鳥則生活在1.5億年以前，所以這些小型獸腳類不可能是鳥類的祖先。 此外，獸腳類的鎖骨與鳥類的叉骨不相像，鳥類復雜的肺臟不可能起源于獸腳類的肺臟也都是反對者的理由。 然而，反對鳥類起源于小型獸腳類恐龍的科學家也沒有能夠找到與鳥類相似的、有可能是鳥類祖先的三疊紀時期具體的槽齒類動物。 看來，鳥類起源于小型獸腳類恐龍的假說雖然在古生物學界占了上風，但也還沒有得到科學界完全的公認，這個學術(shù)爭論還將繼續(xù)下去。但是，隨著更多證據(jù)的發(fā)現(xiàn)和更深入的研究，相信不需要太長的時間，鳥類起源的自然之謎必將會被揭曉，被我們?nèi)祟愖罱K認識。