鳥類起源于恐龍的觀點雖然已經(jīng)獲得了古生物學(xué)界的廣泛承認，但仍然有鳥類學(xué)家對此提出質(zhì)疑，并堅持傳統(tǒng)的鳥類起源于三疊紀(jì)的槽齒類爬行動物的假說。 他們認為獸腳類恐龍與鳥類的相似性僅僅是表面上的，是不同門類的生物由于生活環(huán)境和生活習(xí)性的相似而出現(xiàn)的演化結(jié)果。如中生代的魚龍、現(xiàn)代的鯨和魚，它們相互之間的親緣關(guān)系很遠，但由于都生活在水里，適應(yīng)游泳生活，所以形成了非常相似的體形。 鳥類的翼與獸腳類的前肢雖然都有三指，但實際是不同的，獸腳類是第1、2、3指（第4指和第5指已消失），而鳥類則是第2、3、4指（第1指和第5指已消失）。他們認為獸腳類已經(jīng)消失的第4指不可能再重新獲得而進化成為鳥類的第4指。 還有就是認為與鳥類具有很多相似之處的小型獸腳類恐龍出現(xiàn)較晚，只可以追溯到大約1.15億年以前，而始祖鳥則生活在1.5億年以前，所以這些小型獸腳類不可能是鳥類的祖先。 此外，獸腳類的鎖骨與鳥類的叉骨不相像，鳥類復(fù)雜的肺臟不可能起源于獸腳類的肺臟也都是反對者的理由。 然而，反對鳥類起源于小型獸腳類恐龍的科學(xué)家也沒有能夠找到與鳥類相似的、有可能是鳥類祖先的三疊紀(jì)時期具體的槽齒類動物。 看來，鳥類起源于小型獸腳類恐龍的假說雖然在古生物學(xué)界占了上風(fēng)，但也還沒有得到科學(xué)界完全的公認，這個學(xué)術(shù)爭論還將繼續(xù)下去。但是，隨著更多證據(jù)的發(fā)現(xiàn)和更深入的研究，相信不需要太長的時間，鳥類起源的自然之謎必將會被揭曉，被我們?nèi)祟愖罱K認識。